Untuk Warga Negara Indonesia (WNI), fasilitas hotel karantina dibiayai pemerintah secara gratis, namun apabila menginginkan hotel lain, pembiayaan dilakukan secara mandiri. Hotel yang dipilih tetap dari daftar yang direkomendasikan dan dikawal oleh satgas penanggulangan Covid-19.
Bagi Warga Negara Asing (WNA), biaya karantina ditanggung secara pribadi atau mandiri. Bagi WNA yang tidak mampu membayar biaya akomodasi karantina, akan diminta membuat surat pernyataan sebagai dasar untuk dasar pemberian subsidi dari Pemerintah Indonesia.
Setelah karantina selama 5 hari, para penumpang akan menjalani pemeriksaan RT-PCR kedua. Jika hasilnya negatif, maka diperkenankan untuk melanjutkan perjalanan. Sedangkan jika hasilnya positif akan mendapatkan perawatan di rumah sakit. Biaya perawatan untuk WNI ditanggung pemerintah, dan biaya mandiri bagi WNA. Proses pelaksanaan karantina ini dilakukan bekerja sama dengan Perhimpunan Hotel dan Restoran Indonesia (PHRI), yang telah menyediakan 10.046 kamar hotel dari 105 hotel.
