Mengutip Nurcholish Madjid, ia menyatakan bahwa seandainya Indonesia tidak dijajah Belanda, maka perguruan tinggi yang berkembang saat ini adalah Universitas Termas, Universitas Lirboyo, Universitas Tebu Ireng, dan universitas dari pesantren-pesantren lainnya. “Bukan UI, ITB, IPB, atau kampus-kampus lainnya,” ujarnya.
“Maka sudah saatnya sekarang ini pondok pesantren merebut masa jayanya seperti yang pernah terjadi di masa lampau. Sudah waktunya pondok pesantren ini menjadi tuan rumah di dalam rumahnya sendiri, di negeri ini,” tutur Menag.
Di hadapan ribuan warga pesantren yang hadir, Menag Nasaruddin menjelaskan bahwa terbitnya undang-undang tentang pesantren adalah bentuk dari kehadiran Kementerian Agama memberikan eksistensi dan legitimasi terhadap pondok pesantren.
“Tugas kami selanjutnya adalah bagaimana melanjutkan keberadaan pondok pesantren,” ujar Menag.
Menurut Menag, penanaman karakter di pesantren sangat efektif. Sistem pemondokan (boarding) yang ada di pesantren memungkinkan para santri mendapat pengawasan selama 24 jam.