Program KKS bertujuan agar tercapai kondisi Kabupaten Kota bersih, aman, nyaman dan sehat untuk dihuni dan sebagai tempat bekerja bagi warganya dengan cara terlaksananya berbagai program-program kesehatan dan sektor lain sehingga dapat meningkatkan sarana, produktivitas dan perekonomian masyarakatnya.
Perlu diketahui bahwa penghargaan Kabupaten Kota Sehat (KKS) bukanlah sebuah lomba melainkan apresiasi pemerinta pusat pada pemerintah daerah yang sudah menyelenggarakan KKS sesuai Peraturan Bersama Menteri Dalam Negeri dan Menteri Kesehatan Nomor 34 tahun 2005 dan Nomor:1138/Menkes/PB/VIII/2005.
Penyelenggaraan Program KKS melibatkan banyak lintas sektor dan lintas program melalui Tatanan dalam KKS. Ada 7 tatanan KKS, yaitu Kawasan Permukiman, Sarana dan Prasarana Umum; Kawasan Sarana Lalu Lintas Tertib dan Pelayanan Transportasi; Kawasan Industri dan Perkantoran Sehat; Kawasan Pariwisata Sehat; Kawasan Pangan dan Gizi; Kehidupan Masyarakat Sehat yang Mandiri; serta Kehidupan Sosial yang Sehat
